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PCR 实用技巧:七大方法消除引物二聚体
相信很多人一听到引物二聚体的时候都会很愤怒,因为几乎我们每个人都受到过它的折磨。它作为 PCR 的副产物,甚至有时候是主要产物充斥着我们的整个 PCR 实验过程。你在被它折磨的不行不行的时候,你有想过它为什么总是出现在你的实验结果中吗
接下来就让我带大家走进它的世界,了解它,认识它,最后战胜它。
引物二聚体是什么鬼?
引物二聚体其实就是一对引物或者引物自身的 3’ 端部分碱基互补结合,在 Taq 酶的作用下从 3’ 末端延伸所形成的小分子量的双链 DNA 片段。
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引物二聚体是如何形成的?
1)最根本的原因是引物之间或者引物自身 3’ 端部分碱基互补结合
2)模板量过低
3)引物浓度过大
4)引物长度过短
5)退火温度低 内容过长,仅展示头部和尾部部分文字预览,全文请查看图片预览。 照就是:模板用 H2O 替代,其他的都一样。这样的话,如果这个泳道有条带出现,那说明形成了引物二聚体(当然前提就是该体系没有被模板污染)。从这里也可以看出设置对照的重要性,一个巧妙的对照往往可以达到事半功倍的效果。
如何消除引物二聚体?
1)重新设计引物,这是解决该问题最根本的办法
2)增加模板用量
3)减小引物浓度
4)引物长度适中
5)提高退火温度
6)减少循环次数
7)可以适当的在 Mix 中添加少量的甘油或 DMSO
最后,希望大家在读了该篇文章后,引物二聚体可以永远离你而去!
最后的最后,给大家补充一个好的点子:基本上消灭二聚体,最核心的注意是
3'尾巴的三个碱基最好不要全部是 G 或 C 组成的
3'尾巴的三个碱基的互补序列不要出现在两条引物序列里
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